财政部门以及国家税务总局对《关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》明确规定了，被清算的企业股东分得的剩余资产的金额，其中对被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占的股份比例计算部分，应确认为股息所得；若剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。

除了财税〔2009〕60号文件中清算股权所得税处理需要区分股息性质所得与股权转让所得之外，其他情形下发生的股权转让，应如何处理呢？

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目前，涉及居民企业之间股权转让的政策规定有以下3项：
1、《企业所得税法实施条例》第十一条第二款规定，投资方企业从被清算企业分得的剩余资产，其中相当于从被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中应当分得的部分，应当确认为股息所得；剩余资产减除上述股息所得后的余额，超过或者低于投资成本的部分，应当确认为投资资产转让所得或者损失。
财税〔2009〕60号文件第五条第二款与条例上述规定一致。
2、《企业所得税法实施条例》第七十一条第二款及第三款规定，企业转让或者处置投资资产时，投资资产的成本准予扣除。

3、财政部、国家税务总局《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》对股权转让涉及企业重组情形时的处理作了规定。对于股权转让时是否要确认转让收益。

根据上述规定，企业重组需进行股权转让或清算处理时，企业所得税的处理原则仍应遵从上述清算股权或正常转让处置股权的原则。

财税所得税处理案例：
例：2008年1月1日，A公司投资200万元与B公司在境内新设甲公司，A公司占40%股权。假设A公司适用企业所得税税率为25%。

第一种情形：2009年10月31日，A公司将该股权转让给C公司，协议转让价350万元。当日甲公司所有者权益累计未分配利润和累计盈余公积为100万元。

第二种情形：2009年10月31日，因种种原因，甲公司决定清算，当日甲公司所有者权益中累计未分配利润和累计盈余公积为100万元。A公司从甲公司分得剩余资产350万元。

计算方法
第一种情形下，A公司股权处置环节应纳企业所得税：
1.直接确定投资转让所得或损失为350－200＝150（万元）。
2.A公司应纳企业所得税为150×25%＝37.5（万元）。

第二种情形下，A公司股权处置环节应纳企业所得税：
1.先确定股息所得为100×40%＝40（万元）。
2.再确定投资转让所得或损失为350－40－200＝110（万元）。
3.40万元股息所得按照税法规定属于免税收入。
4.A公司应纳企业所得税为40×0 + 110×25%＝27.5（万元）。